พระเครื่องเนื้อดินเผาหลวงปู่บุญ นั้นท่านเริ่มสร้างในปีพ.ศ.2456 นับเป็นพระเครื่องชุดแรกๆ ที่หลวงปู่สร้างขึ้นขณะนั้น การสร้างพระเครื่องเนื้อดินเผาของหลวงปู่บุญนั้น ท่านได้ให้นายสุน เป็นผู้งมดินเหนียวจากริมตลิ่งแม่น้ำนครชัยศรีขึ้นมาและตาทุยกับตามุ้ย เป็นผู้ไปหาดินขุยปูรูอุดตันจากทุ่งนามาผสม พระสินเป็นผู้ร่อนแร่ทรายเสกและเม็ดแร่บด หลวงปู่เพิ่มเป็นผู้กรองดินจากตุ่มหมักดิน เพื่อให้ได้ดินละเอียด หลังจากได้ดินที่เตรียมไว้แล้วพระภายในวัดก็ช่วยกันนวดดิน โดยมีหลวงปู่บุญนำผงมาผสมลงไปในเนื้อดิน เมื่อนวดดินจนได้ที่ดีแล้วจึงนำไปช่วยกันกดพิมพ์ แม่พิมพ์พระนั้นทำด้วยไม้เนื้อแข็งทั้งหมด เมื่อกดดินลงไปในแม่พิมพ์แล้วก็สามารถถอดออกจากแม่พิมพ์ด้วยการเคาะเบาๆ พระก็หลุดออกจากแม่พิมพ์ได้สะดวก ในขณะที่พิมพ์พระอยู่นั้นหลวงปู่บุญท่านจะมาคุมอยู่ตลอดเวลา บางครั้งท่านก็หยิบพระที่พิมพ์แล้วมาลงจารด้านหลัง ซึ่งจะพบว่าพระเนื้อดินบางองค์ จะมีรอยจารอักขระหลายๆ แบบ รอยจารที่เห็นในพระเนื้อดินนั้นก็คือลายมือของหลวงปู่บุญครับ และเมื่อกดพิมพ์พระเสร็จเรียบร้อยแล้ว ก็ปล่อยให้เนื้อดินแห้งสนิท จากนั้นจึงนำไปเผา โดยหลวงปู่จะให้ขุดดินเป็นหลุมใต้ต้นสมอพิเภกด้านหน้าวิหาร เมื่อเอาพระลงไปในหลุมแล้วก็สุมไฟด้วยแกลบ หลวงปู่ท่านจะมาเดินจงกรมรอบเตาเผาในเวลากลางคืน โดยสุมไฟไว้ข้ามคืน

เมื่อนำพระขึ้นมาแล้วหลวงปู่บุญท่านจะให้เอาพระใส่บาตร แล้วนำไปไว้ที่หอสวดมนต์และหลังจากสวดมนต์เสร็จแล้วท่านก็จะปลุกเสกทุกวัน เป็นประจำนานหลายปี ประมาณกันว่า ประมาณ 20 ปีเห็นจะได้ พระเครื่องบางส่วนท่านก็ได้แจกจ่ายให้แก่ศิษย์และชาวบ้านแถบนั้น พระส่วนใหญ่หลวงปู่บุญท่านได้นำไปบรรจุไว้ในมณฑปเมื่อปีพ.ศ.2476 ตลอดเวลาตั้งแต่สร้างพระเนื้อดินจนถึงนำไปบรรจุไว้ในมณฑปหลวงปู่บุญท่านปลุก เสกของท่านทุกวัน นับว่าเป็นพระเครื่องที่ท่านปลุกเสกนานที่สุดครับ พระเครื่องเนื้อดินเผา หลวงปู่บุญ วัดกลางบางแก้ว ของท่านนั้นมีอยู่ด้วยกันหลายพิมพ์คือ พระเครื่องหลวงปู่บุญ รุ่นต่างๆ พิมพ์ปรกโพธิ์ใหญ่ พิมพ์ปรก โพธิ์เล็ก พิมพ์นางพญาสมาธิเพชรใหญ่ พิมพ์นางพญาสมาธิเพชรเล็ก พิมพ์นาคปรกใหญ่ พิมพ์นาคปรกเล็ก พิมพ์ซุ้มรัศมี พิมพ์ซุ้มแหลมใหญ่ พิมพ์ซุ้มแหลมเล็ก พิมพ์ซุ้มแขนหักศอก พิมพ์ซุ้มโค้ง พิมพ์ซุ้มรัตนตรัย พิมพ์นางพญาสะดุ้งกลับ พิมพ์เศียรโล้นสะดุ้งกลับ พิมพ์ลีลาซุ้มขีด พิมพ์ลีลากลับด้าน พิมพ์สมเด็จฐาน 5 ชั้น พิมพ์สมเด็จฐาน 7 ชั้น เป็นต้น